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李秀成于占领杭州后，立即着手处理善后。据他后来回忆说：
斯时将杭省各清将应从不从，安排定叠，即将省内难民一一安抚。在城饿死者发薄板棺木万有余个，费去棺木钱财弍万余千；难民无食，即到嘉兴载米万担，载钱弍十万千来杭，将此米粮发救穷人。各贫户无本资生，借其本而救其生，不要其利，六个月将本缴还。粮米发救其生，不要其还。四只（个）月之内，将杭省一并妥周。
除此而外，李秀成还厚殓王有龄，并礼送被俘的林福祥、米兴朝等人出境。但林、米二人因在城陷时不能“愤烈捐躯”，反而“恬不知耻仍复辗转逃匿，认辱偷生，希求苟免”，受到清廷的从严惩办，由左宗棠在衢州军营将其“正法”。
浙江省城失陷，清廷追究了当事者的责任。1862年1月24日，闽浙总督庆端因“身任兼圻，迁延不进，以致杭城失陷，实属救援不力”被革职，但仍令其暂留本任，“责令带兵，迅图克复浙江失陷各城，以赎前愆”。两江总督曾国藩因“有节制浙江全省之责”，亦被“交部议处”。吏部议：“应比照城池失陷例，降二级留任。”清廷“从之”。但曾国藩受命节制浙江全省，正值杭州被围近月后的危难之时，对他的这一处分实在没有多少道理。于是清廷赶紧又予以抚慰，6天之后的1月30日（同治元年元旦），即命其为协办大学士。